Vào lúc 12:18 chiều, một quả bom khủng bố phát nổ trong nhà để xe của Trung tâm Thương mại Thế giới ở thành phố New York, để lại một miệng hố rộng 60 feet và gây ra sự sụp đổ của một số sàn bê tông cốt thép trong khu vực xung quanh vụ nổ. Mặc dù quả bom khủng bố đã không thể phá hủy nghiêm trọng cấu trúc chính của các tòa nhà chọc trời, nhưng sáu người đã thiệt mạng và hơn 1.000 người bị thương. Trung tâm thương mại thế giới tự chịu thiệt hại hơn 500 triệu đô la. Sau vụ tấn công, chính quyền đã sơ tán 50.000 người khỏi các tòa nhà, hàng trăm người đang bị hít phải khói thuốc. Cuộc di tản kéo dài cả buổi chiều.
Chính quyền thành phố và Cục Điều tra Liên bang (FBI) đã tiến hành một cuộc săn lùng lớn cho các nghi phạm, và trong vài ngày, một số kẻ theo chủ nghĩa Hồi giáo cực đoan đã bị bắt giữ. Vào tháng 3 năm 1994, Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad và Mahmoud Abouhalima đã bị một bồi thẩm đoàn liên bang kết án vì vai trò của họ trong vụ đánh bom, và từng bị kết án chung thân. Salameh, một người Palestine, đã bị bắt khi anh ta đi lấy lại khoản tiền gửi 400 đô la mà anh ta đã để lại cho chiếc xe tải Ryder được sử dụng trong vụ tấn công. Ajaj và Ayyad, cả hai đều đóng vai trò trong việc chế tạo bom, đã bị bắt ngay sau đó. Abouhalima, người giúp mua và trộn chất nổ, đã trốn sang Ả Rập Saudi nhưng bị bắt ở Ai Cập hai tuần sau đó.
Kẻ chủ mưu của vụ tấn công bù nhìn Hồi giáo Ahmed Yousef đã bị bắt giữ lớn cho đến tháng 2 năm 1995, khi anh ta bị bắt ở Pakistan. Trước đây anh ta đã ở Philippines và trong một chiếc máy tính anh ta đã tìm thấy các kế hoạch khủng bố bao gồm một âm mưu giết Giáo hoàng John Paul II và một kế hoạch đánh bom 15 máy bay chở khách Mỹ trong 48 giờ. Trên chuyến bay trở về Hoa Kỳ, Yousef thông báo đã thừa nhận với một nhân viên Mật vụ rằng anh ta đã chỉ đạo cuộc tấn công Trung tâm Thương mại ngay từ đầu và thậm chí tuyên bố đã đặt cầu chì phát nổ quả bom 1.200 pound. Sự tiếc nuối duy nhất của anh ta, người đại diện dẫn lời Yousef nói, là tòa tháp 110 tầng không sụp đổ thành đôi như thảm họa của kế hoạch đã gây ra hàng ngàn cái chết.
Eyad Ismoil, người lái chiếc xe Ryder vào gara đỗ xe bên dưới Trung tâm Thương mại Thế giới, đã bị bắt ở Jordan năm đó và đưa về New York. Tất cả những người đàn ông liên quan đều có quan hệ với Sheik Omar Abdel Rahman, một nhà lãnh đạo tôn giáo cực đoan người Ai Cập hoạt động ở thành phố Jersey, New Jersey, nằm ngay bên kia sông Hudson từ Manhattan. Năm 1995, Rahman và 10 tín đồ bị kết tội âm mưu làm nổ tung trụ sở Liên Hợp Quốc và các địa danh khác ở New York. Các công tố viên lập luận rằng cuộc tấn công của Trung tâm Thương mại Thế giới là một phần của âm mưu đó, mặc dù rất ít bằng chứng rõ ràng về cáo buộc này đã được trình bày.
Vào tháng 11 năm 1997, Yousef và Ismoil bị kết án trong phòng xử án chỉ cách tòa tháp đôi một vài khối nhà và sau đó bị kết án chung thân mà không có khả năng tạm tha. Chỉ có một người đàn ông khác được cho là có liên quan trực tiếp đến vụ tấn công, Abdul Rahman Yasin, người Iraq, vẫn ở mức lớn.
Sau vụ đánh bom năm 1998 của các đại sứ quán Hoa Kỳ ở Kenya và Tanzania, các nhà điều tra của Hoa Kỳ bắt đầu nghi ngờ rằng Yousef có quan hệ với người lưu vong Saudi Osama bin Laden, người đứng đầu chống Mỹ. mạng lưới khủng bố al Qaeda. Liệu bin Laden có thực sự liên quan đến vụ tấn công Tháp đôi năm 1993 hay không vẫn chưa được xác định, nhưng vào ngày 11 tháng 9 năm 2019, hai nhóm khủng bố al Qaeda đã hoàn thành công việc bắt đầu bởi Yousef, đâm hai máy bay không tặc vào tháp phía bắc và phía nam của Trung tâm thương mại Thế giới.
Kết cấu thép của các tòa nhà chọc trời không thể chịu được sức nóng khủng khiếp được tạo ra bởi nhiên liệu máy bay đang cháy và cả hai đã sụp đổ trong vòng hai giờ sau khi bị tấn công. Gần 3.000 người đã chết trong Trung tâm Thương mại Thế giới và khu vực lân cận, bao gồm 343 lính cứu hỏa đáng kinh ngạc và 23 cảnh sát đang vật lộn để hoàn thành việc sơ tán và cứu các nhân viên văn phòng bị mắc kẹt trên các tầng cao hơn. Chỉ có sáu người trong tòa tháp Trung tâm Thương mại Thế giới tại thời điểm sụp đổ của họ sống sót. Gần 10.000 người khác được điều trị chấn thương, nhiều người nặng.
