Tổng liên minh Thomas Hồi Stonewall Hồi Jackson bắt giữ Harpers Ferry, Virginia (Tây Virginia ngày nay) và khoảng 12.000 binh sĩ Liên minh khi quân đội Robert E. Lee xông tiến lên phía bắc Maryland.

Quân đồn trú Liên bang bên trong Harpers Ferry dễ bị tấn công bởi Liên minh sau cuộc xâm lược của Maryland vào tháng Chín. Thị trấn chiến lược trên sông Potomac đã bị cắt khỏi phần còn lại của quân đội Liên minh. Tướng George B. McClellan, chỉ huy của Quân đoàn Potomac, đã gửi s đến Liên minh Tướng Dixon Miles, chỉ huy của đồn trú Harpers phà, để giữ thị trấn bằng mọi giá. McClellan hứa sẽ giúp đỡ, nhưng anh ta phải đối phó với phần còn lại của quân đội Liên minh.

Jackson lăn pháo của mình vào vị trí và bắt đầu bắn phá thị trấn vào ngày 14 tháng 9. Yankees bị thiếu đạn, và Miles đã đề nghị một chút kháng cự trước khi đồng ý đầu hàng vào sáng ngày 15 tháng 9. Khi viện trợ của Miles, Tướng Julius White, cưỡi ngựa Jackson để đàm phán các điều khoản đầu hàng, một khẩu pháo Liên minh tiếp tục khai hỏa. Miles bị thương nặng vì phát súng cuối cùng bắn vào Harpers phà.

Yankees đã đầu hàng 73 khẩu pháo, 13.000 khẩu súng trường và khoảng 12.000 người tại Harpers phà. Đó là sự đầu hàng lớn nhất của Liên minh trong cuộc chiến.

Sự sụp đổ của Harpers Ferry đã thuyết phục Lee thay đổi kế hoạch của mình. Sau khi chịu tổn thất nặng nề vào ngày 14 tháng 9 tại Maryland trong Trận chiến núi phía Nam, về phía đông bắc của Harpers phà, Lee đã có ý định tập hợp quân đội rải rác của mình và trở về Virginia. Bây giờ, với Harpers Ferry an toàn, anh triệu tập Jackson tham gia cùng với lực lượng còn lại của mình xung quanh Sharpsburg, Maryland. Hai ngày sau, vào ngày 17 tháng 9, Lee và McClellan đã chiến đấu với Trận Antietam.